El sacerdote fue detenido el 25 de octubre de 1973 en el Colegio Don Bosco de Iquique. Según la prensa de la época, a Poblete se le incautó "literatura marxista, armas contundentes y alguna munición" y fue detenido junto al empleado del establecimiento, Ricardo Francisco Salgado Torres.

El cura fue llevado a la Prefectura de Carabineros, donde falleció. De acuerdo al Informe Rettig, llegó al recinto policial "en condiciones físicas normales y allí se le insultó y golpeó de manos y con elementos contundentes, por varios de sus custodios, sostenidamente, hasta darle muerte".

"El padre Gerardo Poblete fue víctima de violación de sus derechos humanos por parte de agentes del Estado, quienes al interior de un Recinto de reclusión lo interrogaron y torturaron hasta poner término a su vida", dice el Informe Rettig sobre este caso.