Pero ¿por qué no se han traducido los datos del genoma en nuevas medicinas, que es su verdadero argumento de venta? En parte porque pasar del conocimiento de un gen ligado a una enfermedad a una terapia viable ha demostrado ser inmensamente engorroso, incluso para una enfermedad como la fibrosis quística, causada por un solo gen con falla.

Cuando los componentes genéticos implican todo un conjunto de genes, como ocurre en muchos males comunes como el cáncer y las enfermedades cardíacas, la tarea es aún más difícil. El problema real, sin embargo, es que simplemente no entendemos qué hace un genoma. De más está decir que esto es embarazoso, especialmente para un proyecto que cuesta unos 3 mil millones de dólares.

El HGP no estuvo impulsado por una hipótesis, más bien fue un engaño colectivo de que los beneficios aplicados iban a salir de alguna manera de todos los datos. Esta actitud no salió de la ignorancia de los científicos, sino de su errónea percepción del conocimiento. Para ponerlo en forma cruda, la visión sobre la genética antes del desarrollo del HGP era más o menos la siguiente: nuestros genomas están formados por genes que dirigen la síntesis de las proteínas. Estos genes están alojados en una gran cantidad de "ADN basura" que la evolución jamás ha arrancado. La translación de gen a proteína se da sobre una base de más o menos uno a uno, vía la mediación de las moléculas de ácido ribonucleico que actúan como plantillas para la concentración de proteínas.

Desde 1993, cuando se inició el proyecto HGP, ha habido pocas revisiones de esta teoría. Un gen en particular podría no tener una relación única con una particular proteína. La mayor parte del ADN basura no es para nada basura, sino que tiene un rol biológico que todavía se desconoce. Los genes no están necesariamente colocados de una simple manera lineal en los genomas. La actividad de los genes se ve afectada por muchas cosas no explícitamente codificadas en el genoma, tales como de qué manera se presenta el material cromosómico y de qué manera se les individualiza con detectores químicos. Incluso en enfermedades como la diabetes, que tienen un claro componente heredado, los genes conocidos implicados parecen representar sólo una pequeña proporción de la herencia. El resto ha sido calificado como la "materia oscura" del genoma: una admisión de total ignorancia.

Después de que Francis Crack y James Watson descifraron el enigma de la estructura molecular del ADN en 1953, los genetistas no pudieron resistir la presunción de que no quedaba nada por conquistar. Comenzaron a ver el ADN como el "libro de la vida", el que podía leerse como un manual de instrucciones. Parece ahora que el genoma podría ser menos una lista de piezas y más como el sistema del clima, lleno de complicadas retroalimentaciones e interdependencias.