Alfredo Pfeiffer aún debe recordar la última vez que una actuación suya en el Poder Judicial había sido cuestionada. Fue en agosto de 2006. Más precisamente el 29 de agosto, día en que la tensión se apoderó de la Corte de Apelaciones de Santiago cuando otro juez de ese mismo tribunal, Carlos Cerda Fernández, se negó acatar una orden que lo marginaba de la investigación del denominado Caso Riggs. Cerda cuestionó que en esa decisión, adoptada por dos votos contra uno, hubiera participado Pfeiffer, quien era un reconocido defensor del dictador Augusto Pinochet. La misma sala tuvo que resolver nuevamente y ordenarle a Cerda que acatara el fallo, que finalmente lo marginó más de un año del caso que pretende determinar el origen de la fortuna del clan Pinochet.

Es que cada vez que Pfeiffer aparece en un tema contingente, genera alergias, fundamentalmente en dos sectores bien determinados: aquellos que defienden los derechos humanos y la comunidad judía.

En la Corte de Apelaciones, Pfeiffer presidió la denominada Sala Militar, instancia que integraba junto con el ministro Cornelio Villarroel, y que se hizo tristemente célebre por anular procesamientos en contra de militares acusados de violaciones de los DDHH.

En el ámbito estrictamente profesional, el currículo de Pfeiffer es abundante, pues tiene experiencia en casi todos los ámbitos del derecho. Ha sido juez de Parral (1972-1973), San Carlos (1973) y de Copiapó (1974); en 1975 llegó a la capital como juez del Segundo Juzgado del Crimen San Miguel y luego asumió como relator de la Corte de Apelaciones de Valparaíso (1976). En 1979 fue nombrado ministro de la Corte de Apelaciones de Puerto Montt (1979-1983), y luego ocupó el mismo cargo en las cortes de Valparaíso, en 1983, y de Santiago, a partir de 1989, nombrado por el gobierno de Augusto Pinochet

En 1996, su nombre fue protagonista de una gran polémica, cuando decidió inhabilitarse voluntariamente de seguir al mando del proceso por el asesinato del senador Jaime Guzmán. Argumentó que sentía "resentimiento y animadversión" hacia los autores del crimen.

Por otra parte, cuando sólo llevaba meses en el cargo de ministro en Santiago, fue designado para investigar el homicidio del vocero del MIR Jecar Neghme Cristi, ocurrido en 1989, a manos de agentes de la CNI. En sus manos el proceso languideció, y debieron pasar 11 años para que los reclamos de los organismos de DDHH surtiesen efecto. Hasta 2000, cuando el caso pasó a manos del juez Hugo Dolmestch, Pfeiffer no había encerrado ni procesó a ningún responsable, cosa que sí hizo el juez que lo reemplazó. Actualmente, los culpables del último crimen de la dictadura están condenados.