Ricardo Lagos no estaba mencionado en el informe final de la comisión investigadora de la Empresa de Ferrocarriles del Estado (EFE), y sin embargo se convirtió igualmente en el centro del debate, gracias a que la derecha apuntó todos sus dardos contra el ex Mandatario al rechazarse el texto por 56 votos en contra, 44 a favor y 1 abstención. 

Si bien quedaron sin efecto las conclusiones que habían sacado los integrantes de la instancia, que trabajaron entre el 11 de abril de 2007 y el 20 de mayo de 2008, la Alianza consideró un logro político el resultado. 

Nicolás Monckeberg (RN) sostuvo que con el rechazo del informe "el Parlamento le ha dicho en forma clara y categórica al ex Presidente Lagos que es responsable por este gigantesco despilfarro de recursos en Ferrocarriles, y esperamos que ahora el ex Presidente Lagos pida disculpas y reconozca su error". 

Para Claudio Alvarado (UDI), "al ex Presidente Lagos hoy día no le queda otra opción que reconocer su responsabilidad política, reconocer que EFE fue para él un eficaz instrumento electoral para promover la continuidad de los gobiernos de la concertación y eso no se puede hacer con la plata de todos los chilenos". 

Fidel Espinoza (PS) afirmó que lo único que le interesa a la oposición es "destruir la imagen del ex Presidente Lagos y eso lo encuentro de una pequeñez profunda", recalcando que "el Parlamento no le ha dicho nada al ex Presidente Lagos, sino que lo que ha dicho es que el informe no los convence y muchos parlamentarios que votaron contra este informe ni siquiera lo leyeron".  

Dijo que "el informe es contundente, nosotros decimos en el informe que los sinvergüenzas que lucraron de Ferrocarriles tienen que estar en la cárcel y la justicia tiene que actuar, está plenamente claro que hubo personas que han tenido la desfachatez de no reconocer sus responsabilidades y entre ellos sin duda el señor Ajenjo y el señor Castillo dirigieron esta empresa. Si hubo un error del ex Presidente Lagos fue haberle dado una responsabilidad a estos señores". 

Jaime Quintana (PPD) planteó que "el ex Presidente Lagos lo único que hizo fue cumplir con la ley tal como lo hizo el ex presidente Frei y Aylwin, en cuyo mandato se aprueba la ley orgánica constitucional que obliga a los gobiernos sucesivos a inyectar recursos a esta empresa, una empresa que como se decía usando términos de ferrocarriles- fue víctima del deshuesamiento de más de 20 años de gobierno militar donde los rieles de la empresa fueron utilizados para amarrar cuerpos y lanzarlos al mar". 

El informe rechazado señalaba que "lo que es real, condenable y merece la máxima sanción legal, es la actuación de determinados funcionarios que han provocado un daño enorme a la fe pública, a la empresa y al país", concentrando las responsabilidades en el ex presidente de EFE, Luis Ajenjo, sin que la derecha lograra desviar la atención de la redacción hacia el ex Presidente.