Solo meses después de la muerte de su antecesor, el polaco Juan Pablo II, Benedicto XVI (Joseph Ratzinger) lo conminó en 2006 a retirarse a México el resto de su vida, dedicado “a la penitencia y la oración”, donde finalmente murió sin pedir perdón dos años más tarde cuando ya se habían comprobados los delitos que cometió y que El Vaticano nunca quiso realmente indagar.
Cabe precisar que en 1999 pese a las evidencias depositadas sobre su mesa de presidente de la Congregación para la Doctrina de la Fe, el propio Ratzinger no hizo nada para condenar a Maciel, quien salió libre de cuestionamientos muchos años antes. Fue investigado entre octubre de 1956 y febrero de 1959 por encargo del cardenal Alfredo Ottaviani, quien hizo el seguimiento al cuestionado fundador de los Legionarios de Cristo, quien estudió en la Universidad Pontificia de Comillas, de donde fue expulsado con algunos de sus compañeros sin que los jesuitas tomasen medidas adicionales.
La inspección del Vaticano la supervisó el claretiano vasco y futuro cardenal Arcadio Larraona. Maciel fue suspendido como superior general, y expulsado de Roma.
Las denuncias de sus incontables víctimas, a las que se unieron más tarde las de las mujeres con las que había tenido hijos, arreciaron hasta hacerse insoportables para el Vaticano y nadie puso el cascabel al gato.
“No se procesa a un amigo del Papa”, argumentaron entonces quienes debían intervenir, en primer lugar el cardenal Josep Ratzinger, hoy Papa emérito. Maciel también era su amigo, además de confesor del Papa polaco en muchas ocasiones.