La Fiscalía de Valparaíso lo acusó por lesiones graves, pero en un primer momento intentó llevar al imputado a juicio abreviado, lo que fue rechazado el 15 de mayo de 2018 por el Juzgado de Garantía del puerto, que estimó muy baja la pena solicitada por la fiscalía frente al hecho ocurrido el 21 de mayo de 2015.
En esa oportunidad, el tribunal desestimó la propuesta que implicaba un año de presidio menor en su grado mínimo como autor del delito imputado, con la pena sustitutiva de remisión condicional, es decir, firmando una vez al mes por un año.
Dicha opción fue impugnada por el Instituto Nacional de Derechos Humanos (INDH) dado el grave cuadro de salud en que quedó la víctima, por obra de un agente del Estado en el ejercicio de sus funciones, por lo que el proceso llegó a juicio oral.
Rodrigo Avilés fue impactado por un chorro del carro lanzaguas de Carabineros durante la marcha del 21 de mayo de 2015, lo que produjo que se golpeara fuertemente la cabeza, dejándolo con graves heridas, un TEC cerrado, y en un estado de salud bastante crítico.
Ello provocó que los médicos tratantes le dejaran con un coma inducido, practicándole varias operaciones, las que fueros derivando en una evolución positiva de Avilés.
El INDH interpuso una querella en contra todos quienes resulten responsables en calidad de autores, cómplices o encubridores del delito de lesiones graves cometido en perjuicio del estudiante.